附睾畸形有结节异常，如节段性闭锁、和附睾囊肿。在一般情况下，无临床症状，其中大部分是通过男性不育症和隐睾手术的调查，常与输精管相结合。当附睾畸形不影响生育能力时，不需要治疗。节段性附睾闭锁可以用附睾输精管结扎术治疗。在手术显微镜下放大10至20倍，并选择两种类型的表皮输精管吻合术。囊肿附睾头可以通过穿刺硬化剂注射治疗，但由于复发率高，是不是安全可靠的手术方式，并已较少使用。附睾的缺乏不能单独治疗，主要是为了解决生育问题。
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